居正以在阁办事，只有吕调阳一人，不胜烦剧，复引荐礼部尚书张四维。四维尝馈问居正，四时不绝，所以居正一力荐举。向例入阁诸臣，尝云同某人等办事，至是直称随元辅居正等办事。四维格外谦恭，对着居正，不敢自称同僚，仿佛有上司属吏的等级，平时毫无建白，只随着居正拜赐进宫罢了。卑屈至此，有何趣味。惟四维入阁后，礼部尚书的遗缺，就用了万士和。士和初官庶吉士，因忤了严嵩，改为部曹，累任按察布政使，并著清节，及入任尚书，屡上条奏，居正颇嫉他多言。会拟越级赠朱希忠王爵，士和力持不可，给事中余懋学，奏请政从宽大，被居正斥他讽谤，削籍为民。士和又上言懋学忠直，不应摧抑，自遏言路。种种忤居正意，遂令给事中朱南雍，奏劾士和，士和因谢病归休。
适蓟州总兵戚继光，击败朵颜部长董狐狸，生擒狐狸弟长秃，狐狸情愿降附，乞赦乃弟。继光乃将长秃释回，酌定每岁贡市，一面由巡按辽东御史刘台，上书奏捷。居正以巡按不得报军功，劾台违制。台亦抗章劾居正，说他擅作威福，如逐大学士高拱，私赠成国公朱希忠王爵，引用张四维等为爪牙，排斥万士和、余懋学等，统是罔上行私的举动，应降旨议处等情。居正自入阁秉政，从未遇着这种弹章，见了此疏，勃然大怒，当即具疏乞归。神宗急忙召问，居正跪奏道：“御史刘台，谓臣擅威福，臣平日所为，正未免威福自擅呢。但必欲取悦下僚，臣非不能，怎奈流弊一开，必致误国。若要竭忠事上，不能不督饬百官。百官喜宽恶严，自然疑臣专擅。臣势处两难，不如恩赐归休，才可免患。”说至此，随即俯伏，泣不肯起。无非要挟。神宗亲降御座，用手掖居正道：“先生起来！朕当逮问刘台，免得他人效尤。”居正方顿首起谢。当下颁诏辽东，逮台入京，拘系诏狱，嗣命廷杖百下，拟戍极边。居正反上疏救解，故智复萌。乃除名为民。未几，辽东巡抚张学颜，复诬劾台匿赎锾，想是居正嗾使。因复充戍浔州。台到戍所，就戍馆主人处，饮酒数杯，竟致暴毙。这暴毙的情由，议论不一，明廷并未诘究，其中弊窦，可想而知，毋庸小子赘说了。不说之说，尤胜于说。
到了万历五年，居正父死，讣至京师。神宗手书宣慰，又饬中使视粥止哭，络绎道路，赙仪格外加厚，连两宫太后，亦有特赙，惟未曾谕留视事。时李幼孜已升任户部侍郎，欲媚居正，首倡夺情的议论。冯保与居正友善，亦愿他仍然在朝，可做外助，遂代为运动，传出中旨，令吏部尚书张瀚，往留居正。居正也恐退职以后，被人陷害，巴不得有旨慰留，但面子上似说不过去，只好疏请奔丧，暗中恰讽示张瀚，令他奏留居正。瀚佯作不知，且云：“首相奔丧，应予殊典，应由礼部拟奏，与吏部无涉。”居正闻言，很是愤恨。又浼冯保传旨，责瀚久不复命，失人臣礼，勒令致仕。于是一班趋炎附势的官员，陆续上本，请留首辅，奏中大意，无非把移孝作忠的套话，敷衍满纸。移孝作忠四字，岂是这般解法。居正再请终制，有旨不许。又请在官守制，不入朝堂，仍预机务，乃邀允准。连上朝都可免得，是居正死父，大是交运。居正得遂私情，仍然亲裁政务，与没事人一般。
会值日食告变，编修吴中行，及检讨赵用贤，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝等，应诏陈言，均说居正忘亲贪位，炀蔽圣聪，因干天变云云。居正得了此信，愤怒的了不得，当下通知冯保，教他入诉神宗，概加廷杖。大宗伯马自强，急至居正府第，密为营解。居正见了自强，略谈数语，便扑的跪下，带哭带语道：“公饶我！公饶我！”自强正答礼不迭，忽闻掌院学士王锡爵到来，居正竟踉跄起身，趋入丧次。锡爵径至丧次中，晤见居正，谈及吴、赵等上疏，致遭圣怒等事。居正淡淡的答道：“圣怒正不可测哩。”
锡爵道：“圣怒亦无非为公。”语尚未讫，居正又跪倒地上，勃然道：“公来正好！快把我首级取去，免致得罪谏官！”一面又举手做刎颈状，并道：“你何不取出刀来？快杀我！快快杀我！”好似泼妇撒赖。锡爵不防到这一着，吓得倒退倒躲，一溜烟的逃出大门去了。马自强亦乘势逃去。隔了数日，吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝四人，同受廷杖。侍讲于慎行、田一俊、张伭、赵志皋，修撰习孔教、沈懋学等，具疏营救，俱被冯保搁住。进士邹元标，复上疏力谏，亦坐杖戍。南京御史朱鸿模，遥为谏阻，并斥为民。且诏谪吴、赵、艾、沈四人，吴中行、赵用贤即日出都，同僚相率观望，无一人敢去送行，只有经筵讲官许文穆赠中行玉杯一只，用贤犀杯一只，玉杯上镌着三语道：
斑斑者何？卞生泪。英英者何？蔺生气，追追琢琢永成器。
犀杯上镌着六语道：
文羊一角，具理沈黝，不惜刻心，宁辞碎首？黄流在中，为君子寿。
古人说得好：“人心未泯，公论难逃。”为了居正夺情，各官受谴等事，都下人士，各抱不平。夤夜里乘人不备，竟向长安门外，挂起匿名揭帖来。揭帖上面，无非是谤议居正，说他无父无君，迹同莽、操。事为神宗所闻，又颁谕朝堂道：
奸邪小人，藐朕冲年，忌惮元辅，乃借纲常之说，肆为诬论，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，兹已薄处，如此后再有党奸怀邪，必从重惩，不稍宽宥，其各凛遵！
这谕下后，王锡爵、于慎行、田一俊、沈懋学等，先后乞病告归。既而彗星现东南方，光长竟天，当下考察百官，赵志皋、张袴、习孔教等，又相继迁谪，算作厌禳星变的计划，这正是想入非非了。越年，神宗将行大婚礼，令张居正充纳采问名副使。给事中李涑，奏称居正持丧，不宜与闻大婚事，乞改简大臣。神宗不允，传皇太后谕旨，令居正变服从吉，居正遂奉旨照办。等册后礼成，方乞归治葬。神宗召见平台，特赐慰谕道：“朕不能舍去先生，但恐伤先生孝思，不得已暂从所请。惟念国事至重，朕无所依赖，未免怀忧。”居正叩首道：“臣为父治葬，不能不去，只乞皇上大婚以后，应撙节爱养，留心万几。”说毕，伏地恸哭。恸哭何为？无非要结人主。神宗亦为之凄然，不禁堕泪道：“先生虽行，国事尚宜留意。此后倘有建白，不妨密封言事。”居正称谢而起，进辞两宫太后，各赐赆金，慰谕有加。
居正归后，神宗复敕大学士吕调阳等，如遇大事，不得专决，应驰驿至江陵，听居正处分。既而由春入夏，又有旨征令还朝。居正以母老为辞，不便冒暑北行，请俟秋凉就道。神宗又遣指挥翟汝敬，驰驿敦促，更令中使护居正母，由水道启行。居正乃遵旨登程，所经州县，守臣多跪谒；就是抚按长吏等，亦越界送迎，身为前驱。及到京师，两宫又慰劳备至，赏赉有加。居正母至，概照前例。惟吕调阳自惭伴食，托病乞休，起初未蒙俞允，至居正还朝，再疏告归，乃准令致仕，解组归田去了。还算有些气节。
是时神宗已册后王氏，伉俪情深，不劳细说。独李太后以帝已大婚，不必抚视，仍返居慈宁宫，随召居正入内，与语道：“我不便常视皇帝，先生系国家元辅，亲受先帝付托，还希朝夕纳诲，毋负顾命！”居正唯唯而退。嗣是居正格外黾勉，所有军国要政，无不悉心筹划。内引礼部尚书马自强，及吏部侍郎申时行，参赞阁务，外任尚书方逢时，总督宣大，总兵李成梁，镇抚辽东。方逢时与王崇古齐名，崇古内用，逢时专任边事，悉协机宜。李成梁骁悍善战，屡摧塞外巨寇，积功封宁远伯，内外承平，十年无事。
居正又上肃雍殿箴，劝神宗量入为出，罢节浮费，复尽汰内外冗员，严核各省财赋。只神宗年龄浸长，渐备六宫，令司礼监冯保，选内竖三千五百人入宫，充当使令。内有孙海、客用两奄竖，便佞狡黠，得邀宠幸，嘉靖、隆庆两朝，非无秕政，而中官不闻横行，良由裁抑得宜之故。至此又复开端，渐成客、魏之弊。尝导神宗夜游别宫，小衣窄袖，走马持刀，仿佛似镖客一般。既而出幸西城，免不得饮酒陶情，逢场作戏。一夕，神宗被酒，命随侍太监，按歌新声。曲调未谐，竟惹动神宗怒意，拔出佩剑，欲斫歌竖头颅，还是孙、客两人，从旁解劝，方笑语道：“头可恕，发不可恕。”遂令他脱下头巾，将发割去，想是从曹操处学来。惟彼割己发，而此割人发，不无异点。这事被冯保闻知，便去禀诉李太后。
太后大怒，自着青布袍，撤除簪珥，此是姜后脱簪珥待罪之意。令宣神宗入宫，一面传语居正，速即上疏极谏。神宗得着消息，不免惊慌，可奈母命难违，只好硬着头皮，慢慢儿的入慈宁宫。一进宫门，便闻太后大声催促。到了望见慈容，形神服饰，与寻常大不相同，不觉心胆俱战，连忙跪下磕头。太后瞋目道：“你好！你好！先皇帝付你大统，叫你这般游荡么？”神宗带抖带语道：“儿、儿知罪了，望母后宽恕！”太后哼了一声道：“你也晓得有罪么？”说至此，冯保已捧呈张居正谏疏，由太后略瞧一遍，语颇简直，便掷付神宗道：“你且看来！”神宗取过一阅，方才瞧罢，但听太后又道：“先帝弥留时，内嘱你两母教育，外嘱张先生等辅导，真是煞费苦心，不料出你不肖子，胆大妄为，如再不肯改过，恐将来必玷辱祖先，我顾宗社要紧，也管不得私恩，难道必要用你做皇帝么？”母教严正，不愧贤妃。又旁顾冯保道：“你去到内阁中，取霍光传来！”保复应声而去。不一时，返入宫内，叩头奏道：“张相国浼奴才代奏，据言皇上英明，但教自知改过，将来必能迁善。霍光故事，臣不敢上闻！今不如草诏罪已罢了。”太后道：“张先生既这般说，就这般办罢，你去教他拟诏来！”保又起身趋出。未几，返呈草诏，太后叱令神宗起来，亲笔誊过，颁示朝堂。可怜神宗双膝，已跪得疼痛异常，更兼草诏中语多卑抑，不禁懊恨得很，偏是太后督着誊写，一些儿不肯放松，那时只好照本誊录，呈与太后览过，交冯保颁发去了。太后到了此时，禁不住流泪两行。神宗又跪泣认悔，方得奉命退出。京中闻了这事，谣言蜂起，统说两宫要废去神宗，别立潞王翊镠。见七十一回。后来杳无音信，方渐渐的息了浮言，这且休表。
且说李太后既训责神宗，复将孙海、客用两人，逐出宫外，并令冯保检核内侍，所有太监孙德秀、温泰等，向与冯保未协，俱被撵逐。神宗虽然不悦，终究是无可奈何，只好得过且过，再作计较。张居正恐神宗启疑，因具疏乞休，作为尝试。疏中有“拜手稽首归政”等语。居正自命为禹、皋。那时神宗自然慰留，手书述慈圣口谕：“张先生亲受先帝付托，怎忍言去，俟辅上年至三十，再议未迟。”居正乃仍就原职，请嘱儒臣编纂累朝宝训实录，分四十章，次第进呈，作为经筵讲义。大旨如下：
（一）创业艰难。（二）励精图治。（三）勤学。（四）敬天。（五）法祖。（六）保民。（七）谨祭祀。（八）崇孝敬。（九）端好尚。（十）慎起居。（十一）戒游佚。（十二）正宫闱。（十三）教储贰。（十四）睦宗藩。（十五）亲贤臣。（十六）去奸邪。（十七）纳谏。（十八）守法。（十九）敬戒。（二十）务实。（二十一）正纪纲。（二十二）审官。（二十三）久任。（二十四）考成。（二十五）重守令。（二十六）驭近习。（二十七）待外戚。（二十八）重农。（二十九）兴教化。（三十）明赏罚。（三十一）信诏令。（三十二）谨名分。（三十三）却贡献。（三十四）慎赏罚。（三十五）甘节俭。（三十六）慎刑狱。（三十七）褒功德。（三十八）屏异端。（三十九）饬武备。（四十）御寇盗。
看官！你想神宗此时，已是情欲渐开，好谀恶直的时候，居正所陈各种请求，实与神宗意见并不相符，不过形式上面，总要敷衍过去，当下优诏褒答，允准施行。待至各项讲义，次第编竣，由日讲官陆续呈讲，也只好恭己以听。一俟讲毕，即散游各宫，乐得图些畅快，活络筋骸。一日，退朝罢讲，闲踱入慈宁宫，正值李太后往慈庆宫闲谈，不在宫中，正拟退出宫门，忽见有一个年少的女郎，袅袅婷婷的走将过来，向帝请安。这一番有分教：
浑疑洛水仙妃至，好似高唐神女来。
毕竟此女为谁，且由下回说明。
张居正所恃，惟一冯保，冯保所恃，不外张居正，观其狼狈相倚，权倾内外，虽不无可取之处，而希位固宠之想，尝憧扰于胸中。居正综核名实，修明纲纪，于用人进谏诸大端，俱能力持大体，不可谓非救时良相。然居父丧而思起复，嫉忠告而斥同僚，人伦隳矣，其余何足观乎！冯保闻神宗冶游，密白太后，为补衮箴阙起见，亦不得谓其下情，然窥其隐衷，无非挟太后以制幼主；至若孙德秀、温泰等，则又因睚眦之嫌，尽情报复，狡悍著矣，其他何足责乎？吾读此回，且愿为之易其名曰：“是为冯保、张居正合传。”而是非可不必辨云。