主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑衣组织成员伏特加与一位社长的交易后，被另一名成员琴酒从后面袭击，并被灌下代号为“APTX-4869”（アポトキシン4869）的不明药物。后来虽然幸免于死，但..